时间来到1979年，昔日叱咤风云的迈克·柯里昂已垂垂老矣。他毕生的梦想，就是将家族产业彻底洗白，让柯里昂的名字摆脱血腥与罪恶，堂堂正正地活在阳光之下。为此，他成立了“维托·柯里昂慈善基金”，甚至不惜向梵蒂冈教廷靠拢，试图通过掌控庞大的国际不动产公司，完成这终极一跃。
然而，江湖不是你想退就能退！开端即是风暴眼。在授勋宴会上，迈克重逢了前妻凯，也见到了长大成人的儿女：热爱歌剧的儿子安东尼，以及美丽、担任基金会董事的女儿玛丽。同时，一个充满野性的年轻人——文森·曼西尼（桑尼的私生子）闯入了他的视野。文森继承了父亲的火爆，却似乎多了一份隐忍的狠辣。
迈克的“金盆洗手”计划，触动了太多人的利益。老友唐·安托贝罗带来“朋友们”的“问候”，要求继续合作洗钱；手下乔·扎萨更是阳奉阴违，心怀鬼胎。更致命的是，梵蒂冈并非净土，大主教格利高里奥利用迈克急于洗白的心态，设下了一个涉及数亿美元亏空的金融陷阱。迈克以为自己在下一盘大棋，殊不知自己早已是别人棋盘上的棋子。
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迈克的拒绝，如同点燃了火药桶。在与黑道老友的“分手宴”上，冲突爆发。扎萨愤然离席，紧接着，武装直升机的机枪便撕裂了宴会的宁静！这场明目张胆的袭击，让迈克死里逃生，也让他彻底明白：敌人来自四面八方，且位高权重。
病床上的迈克，迎来了家族的内部危机与转机。康妮和文森以血还血，刺杀了扎萨。但迈克震怒，因为他发现了文森与女儿玛丽的恋情。“你的爱会害死她！”迈克的警告如同预言。同时，老狐狸安托贝罗前来探病，却演技拙劣，让迈克锁定了这个内鬼。
为了破局，迈克使出一招险棋：派文森假意投靠安托贝罗。这步棋效果显著，文森很快摸到了真正的幕后黑手——金融巨头、梵蒂冈的既得利益者唐·鲁加西。与此同时，迈克回到故乡西西里，在儿子安东尼的歌剧彩排声中，向红衣主教忏悔，试图寻求灵魂与现实的救赎。然而，杀手莫斯卡的子弹，已经瞄准了他忠诚的老友汤马西诺。
局势在瞬间发生惊天逆转！支持迈克的红衣主教隆巴度当选新教皇，这给了对手致命一击。掌控国际不动产公司账目的会计携证据逃跑，大主教和鲁加西的阴谋面临曝光。敌人狗急跳墙，安托贝罗雇用了顶尖杀手，誓要取迈克性命。
在挚友汤马西诺的遗体前，心力交瘁的迈克做出了最终决定：退休，并将家族权力交给文森。唯一的条件是，文森必须离开玛丽，以保护她的安全。文森单膝跪地，亲吻迈克的手，完成了权力的交接。文森·曼西尼，从此成为文森·柯里昂，第三代教父！
新教父以雷霆手段展开清洗。大主教、逃跑的会计、幕后金主鲁加西接连被除掉，康妮更是亲手毒杀了自己的教父安托贝罗。柯里昂家族似乎赢下了这场战争，阳光下的未来触手可及。
一切尘埃落定，安东尼的首演在西西里古老歌剧院获得巨大成功。迈克与家人沉浸在短暂的喜悦中。然而，就在演出结束，人群涌出剧院的那一刻，枪声响起！
杀手的目标原本是迈克。但就在子弹射出的瞬间，玛丽扑向了父亲……鲜血染红了她的白裙。迈克抱着女儿逐渐冰冷的身体，发出了撕心裂肺的、无声的哀嚎。他穷尽一生想要保护家人，最终却亲眼目睹最珍爱的女儿死在自己怀中。这比任何子弹都更能击垮这个曾经的王者。
那么，究竟是谁暗杀了玛丽？ 直接执行者是安托贝罗雇佣的杀手莫斯卡。但真正的元凶，是那个迈克一生与之搏斗的“命运”——柯里昂家族无法摆脱的暴力循环与诅咒。玛丽成了父亲罪孽与仇家报复的最终牺牲品。文森虽然遵守诺言离开了玛丽，却未能阻止这注定的悲剧。杀手的目标是迈克，但命运的选择，是玛丽。
影片最后，在西西里一个荒芜的庭院里，垂老的迈克独自坐在椅子上，悄然离世。身边只有一条狗相伴。曾经围绕他的兄弟、妻子、儿子、女儿，都已离去。他赢得了所有战争，将家族打造成一个合法的商业帝国，却输掉了整个“家庭”。
《教父3》是一个关于救赎失败的故事。迈克用尽一切手段想为家族赎罪，换取一个干净的未来，但过去的血债总是如影随形。玛丽的死，是对他最残酷的审判。新教父文森的上位，预示着柯里昂家族将重回以暴制暴的老路，迈克一生的奋斗，最终化为了西西里夕阳下一声无力的叹息。权力可以继承，但孤独与悔恨，只能由他自己带走。